La estructura se conforma por tres Regiones dentro del país: NEA, NOA y SUR

La Coordinación Nacional se compone por un Coordinador Nacional  y dos por Región que tienen la misión de articular e impulsar diversas iniciativas consensuadas con todos los delgados de cada Equipo.

La Sede Nacional es itinerante, dependiendo del lugar donde resida la persona elegida
para el servicio de la Coordinación Nacional.

Cada Región está constituida por diferentes Equipos Diocesanos, a su vez conformados por Equipos Locales en contacto directo con las Comunidades Indígenas.

Los equipos están integrados por individuos en carácter voluntario, laico o religioso, sacerdotes identificados como Agentes de Pastoral solidarios con la causa indígena, sus luchas y esperanzas.

Existen diferentes instancias de encuentro y articulación entre todos los Equipos:

• Asambleas – Nacionales y Regionales
• Encuentros de Coordinación
• Encuentros de Formación

Acompañan el accionar de ENDEPA la Conferencia Episcopal de Pastoral Aborigen, integrada por cuatro Obispos.

• Jurídica
• Comunicación
• Jóvenes
• Educación
• Espiritualidad
• Indígenas Urbanos
• Formación